Diffusion: M6, Samedi à 20h50
Episode 1:
Clark s'oppose à Bizarro, le dernier fantôme issu de la Zone Fantôme, et les conséquences du combat provoque la destruction du barrage, déversant un immense torrent d'eau sur les plaines. Lex, qui vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, se retrouve submergé dans une voiture de police mais est sauvé par une mystérieuse jeune femme. Lois arrive à mettre Chloé en sécurité mais sa cousine est déclarée morte à l'hôpital. La même femme qui a sauvé Lex réapparait à la ferme et se révèle être Kara Kent, Supergirl, la cousine kryptonienne de Clark.
Episode 2:
En explorant la région dévastée par la destruction du barrage de Smallville, Loïs et Clark trouvent un vaisseau spatial kryptonien, manifestement libéré lors de la catastrophe, mais une jeune kryptonienne les empêche de s'en approcher. Pendant ce temps, Lex est disculpé de l'accusation du meurtre de Lana. Se doutant qu'elle n'est pas morte, il part à sa recherche.
Episode 3:
Smallville se prépare pour la 100e fête annuelle de la récolte, et sa traditionnelle élection de la reine du maïs, lorsque 3 inconnues aux allures de top models arrive en ville, visiblement décidées à remporter la couronne, mais très vite, l'une d'elle est assassinée par une créature dotée du pouvoir de geler les choses à distance. Kara, malgré les avertissements de Clark, décide de s'inscrire également au concours. Lana revient à Smallville et rend visite à Clark qui la croyait toujours morte.
Episode 4:
Le docteur Curtis Knox, savant employé par Lex Luthor semble avoir trouvé le moyen de priver les « monstres des météorites » détenus par Luthor de leurs capacités surhumaines, mais une fois libérés, les ex-monstres dispaissent les uns après les autres. À la ferme des Kent, John Jones reviens pour prévenir Clark de se méfier de Kara.
Episode 5:
Alors que Smallville accueille le tournage d'une adaptation cinématographique du comic Warrior Angel, l'actrice principale du film est sauvée par Clark d'un accident de voiture. Certains fans du comic ne semblent pas apprécier que son personnage survive dans le film alors qu'il meurt dans la bande dessinée. Pendant ce temps, Lionel Luthor reprend conscience dans une maison isolée, captif d'une étrange femme.
Episode 6:
Clark apprend que Kara est à Washington pour rechercher son cristal. Après être rentrée par effraction dans un laboratoire, Kara est capturée et un sérum de vérité à base de kryptonite, lui est administré. Le sérum lui fait révéler un voyage passé jusqu'à la Terre lorsque elle suivait la mère de Clark, Lara, jusqu'à la ferme des Kent. Clark arrive à temps pour la sauver mais, après avoir passer la machine aux rayons thermiques, il tombe également victime du sérum et voit ce que Kara voit : sa mère.
Episode 7:
Lana absorbe les pouvoirs de Clark durant une tempête où la kryptonite et l'électricité se mélangent. Lana utilise ses nouveaux pouvoirs pour faire irruption dans le coffre-fort de Lex et vole des preuves contre Lex qu'elle livre alors à Lois et à Grant, exigeant qu'ils publient un article dévoilant les secrets de Lex. Après que Grant refuse d'utiliser des preuves volées, Lana décide de s'occuper de Lex elle-même. Clark essaye d'arrêter Lana qui veut tuer Lex et la bataille commence alors entre les deux.
Episode 8:
Clark entend la voix de sa mère biologique, Lara, l'appeler à l'aide du cristal de Kara et décide de la libérer, en dépit des avertissements de Jor-El. Lara et Clark sont alors réunis et elle lui donne la bague de Jor-El, contenant de la krypronite bleue. Alors que Clark la met, il réalise que Zor-El a en réalité tout manigancé et que la kryptonite bleue lui a retiré ses pouvoirs, permettant à Zor-El de prendre le contrôle de la Forteresse de Solitude. Dans le même temps, Chloé et Lex ont découvert que Lois et Grant commencent une relation et leur demandent d'y mettre un terme.
Episode 9:
Après son passage à la Forteresse, Clark revient à Smallville et dit à Lana que Kara a disparu. Clark suggère également à la jeune femme de faire équipe ensemble pour faire tomber Lex, ce qu'elle accepte, en lui livrant toutes les informations qu'elle possède, y compris un rapport sur un homme nommé Adrian, qui a été infecté par une substance extraterrestre. Ce dernier menace secrètement la vie de Chloe avec une bombe et dit à Loïs que si elle ne force pas Lex à avouer la vérité sur les expériences réalisées dans le cadre du projet 33.1, il fera exploser la bombe. Chloe, croyant qu'elle est sur le point de mourir, avoue à Jimmy qu'elle est une krypto-monstre.
Episode 10:
Alors que Clark est prisonnier des glaces dans la Forteresse de Solitude, Bizarro s'acapare sa vie aux côtés de Lana. Ne sachant pas qu'elle côtoie Bizarro, Lana profite du "nouveau Clark" et partage les informations qu'elle a rassemblé sur un tueur en série qui vide ses victimes de leurs éléments minéraux. Tous deux parviennent à la conclusion qu'il doit s'agir de Brainiac, et Bizarro se lance à sa recherche. Lex est surpris de la réaction de Lionel après que Grant lui a révélé être un clone de Julian.
Episode 11:
Alors qu'elle travaille secrètement pour Oliver, Chloe intercepte un des dossiers de projets de Lex, mais elle est attaquée par Black Canary, une femme mystérieuse dotée d'un cri strident. Dinah Lance, l'alter-ego de Black Canary, est la présentatrice d'un talk-show et travaille également au Daily Planet où elle est en conflit avec Loïs. Lex persuade Black Canary que Green Arrow et son équipe sont des terroristes, elle lance alors l'attaque sur Green Arrow et Clark. Au même moment, Loïs découvre le secret d'Oliver.
Episode 12:
Loïs suit Lex jusqu'à Détroit et découvre qu'il a retrouvé Kara, qui souffre d'amnésie. Finley, un serveur obsédé par Kara, craint que Lex ne l'éloigne de lui, lui tire alors dessus et retient Kara et Loïs en otage. Après la découverte du corps inanimé de Lex, Chloe se propose de le guérir, mais Clark refuse de la laisser faire.
Episode 13:
Pete revient dans cet épisode. Pete n'aime pas vraiment les changements qui se sont passés depuis qu'il est parti, et est particulièrement surpris d'apprendre que Lana, Chloe et Lionel connaissent également le secret de Clark. Il est également agacé de voir Lionel tourner autour de la ferme. A la manière de la saison 1 et de ses "monstres de la semaine", Pete obtient un pouvoir élastique grâce aux météorites. Il utilise alors ses pouvoirs pour sauver Kara et Jimmy. Lex va aussi utiliser les sentiments passés de Pete pour Chloe à son avantage. Pete aura toujours des ranc½urs à propos de devoir garder le secret de Clark et des décisions qu'il a du prendre dans sa vie suite à ça.
Episode 14:
Lionel kidnappe Clark et le place dans une cellule en kryptonite. Lionel rencontre Patricia Swann la fille de Virgil Swann qui veut le dernier fils de Krypton. Pendant ce temps, Chloé et Lana emmène Kara à la forteresse et implore Jor-El pour lui rendre sa mémoire et ses pouvoirs pour sauver Clark.
Episode 15:
Kara enseigne à Clark comment voler pour l'aider à vaincre Brainiac. Toutefois, Brainiac semble avoir l'avantage contre les "super cousins", et certaines personnes proches de Clark sont en danger.
Episode 16:
Le secret de Veritas conduit Lex dans une direction dangereuse qui l'opposera définitivement à Clark. Il y a une grande lutte de pouvoir et Lionel est tué par Lex.
Episode 17:
Clark cherche désespérément Kara et Brainiac, puisque Brainiac est le seul à pouvoir inverser la situation de Lana. Clark demande à Chloé de vérifier une quelconque source de puissance dans les alentours, elle pirate alors les ordinateurs du gouvernement, déclenchant des alarmes. Jimmy est coincé entre le département de sécurité, qui le menace de le mettre en prison à moins qu'il ne les aide à capturer Chloé, et Lex qui lui offre de blanchir Chloé si Jimmy accepte de passer un accord avec lui.
Episode 18:
Clark découvre que Kara a envoyé des messages de Krypton dans le passé qui indiquent que Brainiac veut tuer bébé Kal-El afin que Clark n'existe pas dans le futur. Le jeune homme est torturé car il pense que le monde se porterait mieux s'il n'était jamais arrivé à Smallville. Jor-El se charge alors de lui montrer ce que la vie aurait été s'il n'avait pas existé. Lex serait président des États-Unis, Kara aurait été élevée par les Luthors, Jonathan serait en vie, Lana serait heureuse en mariage et Chloe et Loïs seraient reporters.
Episode 19:
Lex est attaqué par un inconnu masqué qui grave un symbole kryptonien sur son buste : un message pour Clark. Chloé et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du clan Veritas a survécu et se cache dans une église. Clark et Lex se précipitent pour être le premier à trouver ce mystérieux membre de Veritas, qui détient la clé de la survie de Clark.
Episode 20:
Kara dit à Lex qu'il est destiné à défier le voyageur et lui propose de l'emmener à la forteresse pour lui montrer comment le vaincre. Clark est stupéfait de l'attitude de Kara, mais c'est en fait Brainiac qui a pris l'apparence de Kara tandis qu'elle est piégée dans la zone fantôme. Chloé est arrêtée par la sécurité nationale et Lana se réveille de son état de coma. Finalement, après de multiples rebondissements, Clark et Lex se retrouvent à la forteresse et Lex découvre le secret de Clark.